Encontrando sentido a los cambios
Aporte de la secuenciación de SARS-CoV-2 por parte del Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud (ICGES).
Alexander Martínez
Así como una memoria USB permite archivar y acceder documentos a necesidad, de esa forma, los organismos archivan su información genética en forma de ADN o ARN. Estas moléculas son centrales en todos los procesos de replicación celular, tanto de organismos complejos como de virus pequeños. Por este motivo, la técnica de secuenciación del ADN tiene tantas aplicaciones a nivel de investigación básica, clínica y epidemiológica, ya que nos permite conocer cuales son las proteínas que codifican un organismo para que pueda lograr su apropiado funcionamiento y tener descendencia.
El Departamento de Investigación en Genómica y Proteómica del Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud ha sido pionero en el país y en la región en la implementación de protocolos para la secuenciación de virus endémicos y emergentes de importancia epidemiológica como el Virus de la Inmunodeficiencia Humana, Virus de Influenza H1N1, Virus del Zika, Virus de Chikungunya. La secuenciación de estos virus, principalmente se realizaban a través del estándar dorado de secuenciación, a través del método Sanger.
En el año 2016, fomentamos la implementación de métodos de secuenciación de última generación (SUG), para estos organismos, con el apoyo de diversos financiamientos obtenidos en convocatorias a través de la SENACYT (FID14-033, FID18-226), en donde se logró capacitar a personal clave del departamento en metodologías de SUG, así como en el análisis de los datos obtenidos y su posterior estudio bajo un contexto epidemiológico. Este tipo de habilidad nos ha permitido estar preparados para la pandemia actual del SARS-CoV-2.
Desde antes de detectar el primer caso en el país, ya contábamos en el instituto con los recursos necesarios para realizar los ensayos de laboratorio para secuenciar el genoma de este virus, de esta forma en tan solo 3 días posterior al primer caso confirmado, ya contábamos con un borrador preliminar de su secuencia, lo que permitió confirmar el origen epidemiológico del paciente.
Luego, a través de análisis filo-dinámicos realizados con los genomas obtenidos desde febrero hasta abril, logramos descifrar los primeros eventos que dieron lugar al aumento explosivo de casos observados en el país, esto dio la oportunidad de explicar con datos independientes, la efectividad de las duras medidas tomadas en el país al inicio de la pandemia.
Actualmente, luego de más de un año del primer caso confirmado, seguimos secuenciando, ahora de manera sistemática para explorar la evolución local del genoma viral, con el fin de encontrar eventos de introducción de variantes de preocupación que se han detectado en otras latitudes.
Estas variantes se pueden definir como virus que presentan cambios en el genoma y que han modificado una característica de las proteínas que codifica, de esta forma si los cambios pueden ser asociados a un aumento de casos o aumento de fatalidad, se sugiere que se trata de una variante de preocupación.
Desde el inicio de la pandemia hasta la primera semana del mes de mayo, hemos obtenido alrededor de 1500 genomas, a través de estos se ha confirmado la circulación de más de 20 linajes diferentes, y los primeros casos detectados en el país de las variantes de preocupación: B.1.351, P.1, P.2, B.1.1.7, B.1.429, B.1.617 consideradas de gran preocupación por su asociación con mayor transmisión y escape inmune.
Estos análisis son enviados a las autoridades sanitarias y de esta forma la información se deriva directamente a acciones que están ayudando a controlar la dispersión de estas variantes en el país.
Todos estos esfuerzos siguen fortaleciendo la capacidad de procesamiento del departamento y gracias a fondos institucionales y a apoyos de filántropos
nacionales, hemos adquirido reactivos y estructura bio-informática adicional para realizar más análisis y apoyar a otros países de la región en esta tarea que se ha convertido en una prioridad de salud pública para entender y detener el avance del SARSCoV-2 en la región.
En la actualidad estamos iniciando proyectos para expandir las capacidades de secuenciación a nivel nacional, incluyendo laboratorios especializados con equipamiento y personal capacitado en al menos 2 áreas del país. Estos esfuerzos nos permitirán seguir atendiendo las necesidades de entender el ADN o ARN de los virus endémicos que afectan estas regiones y aquellos emergentes que podrán aparecer. De esta forma el ICGES a través del Departamento de Investigación en Genómica y Proteómica seguirá brindando análisis genómicos oportunos y de calidad en aquellos eventos de salud pública que afecten a la población de Panamá.
Pese al trabajo que sin descanso el ICGES lleva a cabo en Panamá, la institución se prepara para realizar trabajos en conjunto con varios países de la región sobre todo en secuenciación del SARS-CoV-2.
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